Identification of plasmid IncQ1 and NTEKPC-IId harboring bla KPC-2 in isolates from Klebsiella pneumoniae infections in patients from Recife-PE, Brazil

Abstract INTRODUCTION: This study investigated the genetic environment of bla KPC-2 in Klebsiella pnemoniae multi-drug resistant clinical isolates. METHODS: Four carbapenemase gene isolates resistant to carbapenems, collected from infected patients from two hospitals in Brazil, were investigated using polymerase chain reaction and plasmid DNA sequencing. RESULTS: The bla KPC-2 gene was located between ISKpn6 and a resolvase tnpR in the non-Tn4401 element (NTEKPC-IId). It was detected on a plasmid belonging to the IncQ1 group. CONCLUSIONS To our knowledge, this is the first report of the presence of the bla KPC-2 gene in the NTEKPC-IId element carried by plasmid IncQ1 from infections in Brazil.

Evaluation of the recombinant antigens Wb14 and WbT for the capture antibody diagnosis of lymphatic filariasis

BACKGROUND Lymphatic filariasis (LF) is a parasitic disease caused mainly by the Wuchereria bancrofti worm and that affects up to 120 million people worldwide. LF is the second cause of chronic global deformity, responsible for 15 million people with lymphedema (elephantiasis) and 25 million men with scrotal hydrocele. Its diagnosis is still associated with numerous difficulties, such as the sample collection periods (microfilaria nocturnal periodicity) and limited diagnostic kits. OBJECTIVES The aim of this work was to evaluate two recombinant antigens (Wb14 and WbT) as part of an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) based antibody capture tests for LF. METHODS The recombinant antigens rWb14 and rWbT were expressed in Escherichia coli BL21 and an antibody capture ELISA was performed. For this, sera were used from microfilaremic individuals with W. bancrofti (MF), chronic pathology (CP), individuals infected with Strongyloides (SP) and healthy controls from endemic (EN) and non-endemic (NE) areas. FINDINGS Both tests showed similar results, with 90% sensitivity and 96.6% specificity. In comparison with the BM14 ELISA commercial test, the Wb14 and WbT antigens performed with identical sensitivity but greater specificity. Reduced positivity with the CP suggested a potential to monitor cure. This was not confirmed, however, when sera from individuals up to seven years after treatment were assayed. MAIN CONCLUSIONS The Wb14 and WbT ELISAs were considered efficient and promising diagnostic tests. Due to the importance of antibody capture analysis to evaluate the Global Program to Eliminate Lymphatic Filariasis (GPELF), the tests proposed here appear as great alternatives to the available commercial system.

Analysis of the genetic variability of PvMSP-3α among Plasmodium vivax in Brazilian field isolates

Reliable molecular markers are essential for a better understanding of the molecular epidemiology of Plasmodium vivax, which is a neglected human malaria parasite. The aim of this study was to analyze the genetic diversity of P. vivax isolates from the Brazilian Amazon using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of the highly polymorphic merozoite surface protein-3alpha (PvMSP-3α) gene. To accomplish this, 60 isolates of P. vivax from different endemic areas in the Brazilian Amazon were collected. The PvMSP-3α gene was amplified by nested-PCR. Three major types of the PvMSP-3α locus were detected at different frequencies: type A (68 percent), B (15 percent) and C (17 percent). A single sample showed two PCR fragments, which corresponded to infection with types A and C. PCR-RFLP analysis using the HhaI restriction enzyme for 52 isolates clearly identified 11 haplotypes, eight of which were from type A, two from type B and only one from type C. Seven other isolates did not show a clear pattern using PCR-RFLP. This result might be due to multiple clone infections. This study showed a high diversity of the PvMSP-3α gene among P. vivax isolates from the Brazilian Amazon, but also indicated that the detection performance of PCR-RFLP of the PvMSP-3α gene may not be sufficient to detect multiple clone infections.

Estudo da variabilidade de isolados de Plasmodium vivax de áreas endêmicas na Amazônia Brasileira / Study of the variability of isolates of Plasmodium vivax endemic areas in the Brazilian Amazon

A malária humana é causada por protozoários do gênero Plasmodium. Atualmente, mais de 2 bilhões de pessoas estão sob risco de contrair malária sobretudo em áreas tropicais e subtropicais. No Brasil, a malária está concentrada na região da Amazônia Legal, onde se registram mais de 99% dos casos, sendo cerca de 80% causados pelo Plasmodium vivax. Estratégias efetivas de combate ao parasito são essenciais para o controle da doença, e estas dependem do entendimento de diversos fatores como, por exemplo, a variabilidade genética e a estrutura populacional do P. vivax. Desta maneira, os marcadores moleculares são importantes ferramentas que podem auxiliar na elucidação destes aspectos biológicos do parasito. Contudo, poucos marcadores moleculares estão disponíveis para estudos populacionais de P. vivax, comparado ao P. falciparum, principalmente marcadores neutros ou quase neutros, ideais para esse tipo de estudo. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar novos microssatélites em P. vivax e realizar análises de genética de população em isolados de cinco áreas da Amazônia Brasileira utilizando esses microssatélites e os cinco marcadores do tipo TR mais polimórficos descritos na literatura. Deste modo, uma busca in silico foi realizada utilizando o rascunho do genoma do parasito, e foram selecionados microssatélites com unidades repetitivas variando de 2 a 4 pares de base. Cada locus foi amplificado utilizando iniciadores específicos, incluindo os TRs cujos iniciadores foram baseados na literatura. O DNA molde para a realização da amplificação foi extraído de pacientes com infecção aguda de P. vivax.

Os produtos amplificados foram analisados em seqüenciadores automáticos de DNA utilizando programas de análise de tamanhos de fragmentos. As análises de genética de população foram realizadas utilizando vários pacotes computacionais. Ambos marcadores detectaram uma alta diversidade nas populações estudadas. Porém, algumas diferenças foram identificadas nas análises com cada tipo. de marcador molecular, dentre elas: as populações geneticamentes próximas foram diferentes juntamente com o padrão de desequilíbrio de ligação em cada população e a taxa de multiplicidade de infecção também variou entre os tipos de marcadores Além disso, foi possível, utilizando os microssatélites, estruturar as populações, o que não ocorreu utilizando os TRs. Por fim, foi possível perceber que os microssatélites se mostraram mais polimórficos, mais bem distribuídos pelo genoma do parasito e ainda. assim, o seu mecanismo de manutenção de variabilidade é conhecido, logo, eles aparentam ser mais aptos na utilização de estudos de genética de população de P. vivax

Estudo da variabilidade de isolados de Plasmodium vivax de áreas endêmicas na Amazônia Brasileira

A malária humana é causada por protozoários do gênero Plasmodium. Atualmente, mais de 2 bilhões de pessoas estão sob risco de contrair malária sobretudo em áreas tropicais e subtropicais. No Brasil, a malária está concentrada na região da Amazônia Legal, onde se registram mais de 99% dos casos, sendo cerca de 80% causados pelo Plasmodium vivax. Estratégias efetivas de combate ao parasito são essenciais para o controle da doença, e estas dependem do entendimento de diversos fatores como, por exemplo, a variabilidade genética e a estrutura populacional do P. vivax. Desta maneira, os marcadores moleculares são importantes ferramentas que podem auxiliar na elucidação destes aspectos biológicos do parasito. Contudo, poucos marcadores moleculares estão disponíveis para estudos populacionais de P. vivax, comparado ao P. falciparum, principalmente marcadores neutros ou quase neutros, ideais para esse tipo de estudo. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar novos microssatélites em P. vivax e realizar análises de genética de população em isolados de cinco áreas da Amazônia Brasileira utilizando esses microssatélites e os cinco marcadores do tipo TR mais polimórficos descritos na literatura. Deste modo, uma busca in silico foi realizada utilizando o rascunho do genoma do parasito, e foram selecionados microssatélites com unidades repetitivas variando de 2 a 4 pares de base. Cada locus foi amplificado utilizando iniciadores específicos, incluindo os TRs cujos iniciadores foram baseados na literatura. O DNA molde para a realização da amplificação foi extraído de pacientes com infecção aguda de P. vivax.

Os produtos amplificados foram analisados em seqüenciadores automáticos de DNA utilizando programas de análise de tamanhos de fragmentos. As análises de genética de população foram realizadas utilizando vários pacotes computacionais. Ambos marcadores detectaram uma alta diversidade nas populações estudadas. Porém, algumas diferenças foram identificadas nas análises com cada tipo. de marcador molecular, dentre elas: as populações geneticamentes próximas foram diferentes juntamente com o padrão de desequilíbrio de ligação em cada população e a taxa de multiplicidade de infecção também variou entre os tipos de marcadores Além disso, foi possível, utilizando os microssatélites, estruturar as populações, o que não ocorreu utilizando os TRs. Por fim, foi possível perceber que os microssatélites se mostraram mais polimórficos, mais bem distribuídos pelo genoma do parasito e ainda. assim, o seu mecanismo de manutenção de variabilidade é conhecido, logo, eles aparentam ser mais aptos na utilização de estudos de genética de população de P. vivax